相较北上攻打鸿基和广宁的周胜部遭遇安南军民反抗而无有寸功，从海阳水寨南下攻打清化的郑成魁部进展顺利，其部先后袭扰清化、义安、河静等地，攻陷县城两座，安南军队炮台三座，消灭安南守军四千余人，杀害安南百姓一万余，俘去青壮男丁及女子七千有余。
在河静海域休整两天后，郑成魁又指挥所部水师进入兰江江口及日丽海门等地，此举不但惊动驻防兰江郑军大将郑根、黄义胶等人，也震动了兰江以南驻防石华、天禄、宜春、罗山等县的阮氏驻军。
郑根早已得升龙府郑主谕令，知道北方的明人残军来犯大越，但却没想到水师竟然全军覆没，以致明人水师在大越海疆纵横驰骋，无可阻挡。没有水师制敌，郑根便无法对明军水师采取有效克制办法，只能命令沿海、沿江军民大举内迁，以免被明军掳掠。此举和清廷现下正在福建沿海推行的“禁海令”倒是如出一撤。
除命百姓内迁外，郑根又调优兵数千于府县要隘关卡驻防，各地官府组织一兵和义勇联防联治，乡野之间每隔数里便设一烽火台，但发现明军水师上岸，便即点烽火告讯。该地驻军见讯即备战，若上岸明军兵少，则聚勇进击；若兵多，则据守关隘不得轻出，以免被明军所乘。
但是郑氏黎朝国土绵长，兵马又少，哪里能够做到处处设防。明军行船过来，发现此处设防，便奔他处，隔上数十里乃至百里突然登岸，地方官府及驻军根本无从防备，甚至连反应时间都没有。安南国境狭长，沿海即人口稠密地区，明军只要上岸，根本不必花费手脚便能寻得密集村庄抢掠，等到明军抢完上船，附近驻军都不能够赶到。一时之间，郑氏黎朝南方沿海处处告急，自明军来犯之日起，地方上报损失无可计数，单是被杀百姓就有五六万，抓走掳去的更是无从确认，钱粮财货损失更是个天文数字。
郑氏黎朝被明军大抢特抢之时，南边的阮氏政权却未遭明军进犯，这令得郑根等人怀疑明军已和江南的阮军取得联系。
郑根没有猜错，明军的确已和阮氏政权接上头。郑成魁奉命南下除了劫粮抓劳力，袭扰牵制兰江郑军主力不使他们北上增援升龙府这个目的外，便是联络南方阮氏政权，相约合击郑军。
郑成魁派人和阮军大将阮有进取得联系，言道大明军队之所以攻打郑氏，只因郑氏背信弃义，扣押大明公主。郑成魁对阮氏方面强调大军来犯只是讨回公主一行，并惩罚郑氏对大明之背叛，而对安南并无领土要求。若阮军愿意协助大明攻打郑氏，那么将来郑氏灭亡之后，大明将承认阮氏对于安南全境的占领，大明监国殿下也将以国书册封阮氏之主阮福濒为安南王。
阮有进此人是阮军大将，阮主亲信，郑阮数次大战，阮有进功劳不小。前年若不是阮有进拒敌于兰江，重创郑军，恐怕郑军早已兵临顺化城下。
阮有进要灭郑氏之心比明军更甚，但他却没有轻易答应明军的条件派兵过江攻打郑军，而是派人快马回顺化，由阮主决定是否和明军联手。
接到海阳水寨转告，周胜在鸿基进展不利，郑成魁便没有干等阮氏回音，而是继续率水师攻陷郑氏海防要地义安定海城，郑氏总兵黎明泰及三千一兵战死。后又攻打锦罗江的门户离港，安南左军都督武元夔率军坚守，镇守黎宪却欲求和，下令武元夔率军撤退，武元夔却断然拒绝撤军。黎宪见状，便率部自行撤走，致使离港守军军心大乱，明军乘势炮击，后2000水兵上岸夺取离港炮台。武元夔与数百士兵拼命死守，可惜寡不敌众，战死炮台。
黎宪胆怯退兵之后得知武元夔战死，离港炮台失守，害怕郑主降罪，竟然谎报大捷，奏称击退明军，斩杀明军三千余人。郑主闻报大喜，命黎宪将斩杀明军首级运送京师以振军心。黎宪手中哪有什么明军首级，丧尽天良之下竟命士兵捉拿境内汉人，拿他们头颅冒充明军首级。
安南境内有不少汉人，人数约有百万。早在汉武帝时期，北方汉人就开始移民到南越迁居。这些汉族定居者包括流亡、驻军与朝廷官司。东汉马援征服交趾后，三万余的汉族驻军驻扎在安南，大部分与当地越族女人通婚，生下后代。宋朝初年，安南独立，建立了大瞿越国，和宋朝形成宗藩关系。南宋末年，由于蒙元入侵，忠于宋室的遗臣义士多逃奔越南。安南人史料记载当时有大海船30艘，满载宋人和财物妻子，渡海而来，后被安置于京都附近的街姥坊。
大明成祖时期，出于政治及经济文化的原因，成祖皇帝曾遣郑和七次远航西洋，占城为首站必到之地，加强了相互的往来，不少汉人移民至此。另外，明成祖时调滇桂兵数十万入越平乱，到宣宗皇帝放弃越南时，已有大部分士兵随员留居在了越南。
尽管因为通婚和世代居住原因，安南的汉人肤色和当地人并没有什么差别，但从面相仍可清楚分辩，安南人面像多尖窄，远视若猴子，汉人则不然，加上北方中原王朝千年以来对安南的占领入侵，故而安南人对境内汉人多有歧视憎恨。明军的大举来犯和烧杀抢掠行为激发了安南人的反抗之心，也让安南境内的汉人身处险境。奈何不了明军的安南人自然而然将怒火发泄在了他们的邻居汉人身上。黎宪下令捕杀汉人后，安南士兵尽皆兴奋，百姓也是人人雀跃，纷纷协助官兵捕杀往日邻居，甚至亲戚。
有汉人逃过安南兵捕杀，冒死向明军报信，因明军水师来往不定，报信人便往北奔山南，恰值第十二镇镇将牛根生指挥所部两旅兵欲夺取山南城，闻知安南人正大举杀害汉人后，牛根生大怒，立即发兵攻打山南城。于城下击败山南镇守郑榳纠结的数千乌合之众，越城而入，令城中汉人自出，随后全城惨遭焚掠，死伤安南军民十数万人。屠杀与大火直持续了三天，吓得山南附近宝州士商惶恐万状，派人向明军交纳一百万两赎城费，免于明军破城。