自移跸昆明后，永历帝即感李定国、刘文秀等人之功，下旨晋李定国为晋王、刘文秀为蜀王、白文选为巩国公、固原侯王尚礼加封保国公、将军王自奇为夔国公、贺九义为保康侯、水军都督李本高为崇信伯，另外在昆明的孙可望亲信护卫张虎也被加封为淳化伯。
在晋封大西军一干将领之外，永历帝还重用原本就是明臣的黔国公沐天波，除了让其有紧急事件可以随时入奏外，还让他执掌护卫宫廷的禁军。
与此同时，李定国在昆明的五华山为永历帝修建皇宫，从安龙一并到昆明的大学士扶纲、雷跃龙、吏部尚书张佐宸、吏部文选司郎中汪蛟等人组建了昆明朝廷的六部九卿。同时内阁也成立，让人吃惊的是，新入阁的大学士竟然还有从前和孙可望有过勾结的权臣马吉翔。
马吉翔是武进士出身，早年随明磊平定靖江王之乱，历官至广东都指挥使。甲申年李自成攻入北京，马吉翔人在广东。弘光元年，因事罢官，后来永历朝廷在肇庆建立，他被启用为兵部尚书，负责镇守肇庆。永历帝西逃广西时，马吉翔领着人一路保护，故而深得永历信任。但自从永历帝到了安龙府被孙可望软禁起来后，马吉翔便抛弃旧主和孙可望勾结在一起，同他一起投靠孙可望的还有司礼太监庞天寿。
在去昆明的路上，庞天寿唯恐李定国会找自己算帐，并且一路上永历对他也是言语冷漠，庞天寿害怕到了昆明后自己会被拖出去砍头，便咬牙服毒自杀。其侄庞天赐则趁人不备逃脱。
庞天寿死后，李定国让手下大将靳统武将马吉翔看管起来，结果马吉翔实在是精明，竟然乞怜献媚于靳统武，又不断在勒的面前说李定国的好话，痛骂孙可望，再加上永历帝对马吉翔也念旧情，于是李定国便放过了他。
昆明内阁组建后，永历帝钦点马吉翔入阁办事，李定国对此并未反对，结果马吉翔的入阁引得那些正直的永历朝臣骂声一片。
不过不论如何，移跸到昆明后，永历朝廷总算是有了些气象，除了皇帝不再受制于人，忠于永历的文臣们也终于可以把朝廷运作起来。
从前永历朝廷大小事务都是由远在贵阳的孙可望所设六部九阁办理，安龙府只是个空架子，现在朝廷终于能够不再受制于人，一干文臣们扬眉吐气，甚至有大臣上书当以晋王、蜀王精兵讨伐孙可望这个“不臣”的伪国主。
这份上书没有得到永历帝的任何回应，也没有得到李定国的回应。在如何对待孙可望这个秦王国主，李定国和永历帝的态度是一样的，都不想和孙可望兵戎相见。因此永历帝派白文选和张虎为使者携带玺书前往贵阳，希望劝说孙可望消除隔阂，重归于好。
临行前，永历帝召见白文选和张虎，各赐他二人金篦一枚，并叮嘱道：“二位卿家此去贵阳，务必将朕之和好之意转告于秦王，希望秦王能以祖宗社稷起见，能以天下苍生百姓为念，不使同室操戈。若朕与秦王能言归于好，朕必不负二位卿家，他日恢复江山，二卿家子孙可世代与大明休戚与共！”
白文选本就敬重永帝历，当下忙道：“皇上放心，臣到贵阳后肯定劝说秦王来昆明觐见皇上。”
一边的张虎却暗哼一声，道：“臣去贵阳但将陛下所说转于秦王知晓，秦王是不是能如陛下所愿，则非臣能所左右的。”
闻言，永历帝微微点头，抬手示意内监送二人出去。待白、张二人走后，永历方对屏风后走出的王皇后说道：“白文选忠厚，那张虎却是个反骨之人，只怕他去贵阳后会坏事。”
王皇后有些不解，疑惑道：“陛下既知张虎不可信，为何还让他去？难道不能派别的大臣去吗？”
“不成的。”
永历摇了摇头，苦笑一声，对王皇后解释道：“张虎是孙可望的亲信之人，我封他为淳化伯便是做给孙可望看的，以显朕对他过去之事并无计较之意，反而更加信重于他的意思。”稍顿，又道：“这次派人去贵阳，晋王认为旁人都不足让孙可望信服，唯这张虎去，孙可望才会相信朕并无恼他，更无恨他之意。”
王皇后深感晋王李定国救驾大恩，更信他为人，知他忠义，因此一听张虎是李定国选的人，当下就点头道：“臣妾以为孙可望若真能以臣节侍皇上，便不会计较去的人是谁，若他仍旧野心勃勃，那派谁去都是一样的。这张虎既是晋王提的人选，那想必晋王自有打算，皇上也不必多虑...晋王能征善战，麾下又有虎贲将士数万，清军尚不敌也，况孙可望乎？他真敢率兵前来，怕也只能自寻其辱，公理大义毕竟是在皇上这边的。”
“有晋王在，才有朕的今天啊，朕也相信他定会扶保朕恢复祖宗江山。不过若孙可望真的要与朕兴兵，朕也只能与他一战到底了，届时一切就看晋王的了。”
永历感慨一声，上前握着王皇后的手，想到王皇后这些年跟随自己受过的苦难，再看她日益消瘦的身子，不禁鼻子一酸，柔声道：“这些年朕对不住皇后，让你吃了不少苦，朕...朕愧为天子，也愧为丈夫啊...”言毕，竟是红了眼睛。
王皇后亦是眼含泪水，轻声道：“皇上怎的说起这些了，臣妾不觉得苦，只要能与陛下在一起，臣妾就是受天大的苦也觉幸福。”
“以后会好起来的，会好起来的，朕发誓再也不让你随朕过那朝不保夕的日子了！”
永历帝深情抱住王皇后，夫妻二人就这么紧紧抱在一起，这瞬间，时间都好像停滞了一般，夫妻二人只觉世上再无他物，只他二人于此间静静而立。
殿中伺候的一干内监和宫女哪个敢不识趣，都悄悄秉气呼吸，大气也不敢喘一声，唯恐惊动了帝后。