孙承宗除了重用马世龙之外，还重用登莱巡抚袁可立。
袁可立与孙承宗同为天启二年殿试同考官，可以说说老交情。
孙承宗将辽海防务委之于袁可立，十分倚重。
他写信给袁可立道：“读后先大疏，皎皎揭日月，行中天而底里洞彻，殊令人可味，可展布四体，仰酬国恩！”
朝廷有人重山海轻沿海，甚至有人请求裁撤登莱巡抚。
但孙承宗认为“恢辽全着，必资于海。”
谈请求“皇上敕该部分部两镇汛地，酌给登镇（沈有容）兵丁，敕登莱抚臣（袁可立）用心料理，仍令节制两镇，凡一应兵马钱粮、徵收调遣、防剿功罪尽归经理。”
朱由校喜欢视察边关，经常派东厂的人到关门，然后将边关的事情上报给朝廷。
魏忠贤掌权后派遣自己的党羽刘朝、胡良辅、纪用等四十五人带着数万武器装备来到关门，供给边关军队，又用白金十万，蟒、麒麟、狮子、虎、豹等银币赏赐将士，赐给孙承宗蟒服、白金等，表面上是慰劳军队，实际上是窥探军情。
孙承宗出关巡视宁远，听到这个消息，立刻上书给朱由校，说不能让宦官监军，但朱由校却回复说这没什么。
使者到边关后，孙承宗只用茶水招待。
天启三年，公元1623年，孙承宗推荐阎鸣泰当辽东巡抚以后，认为他没有实际才能，所以军事上的事很多都不跟他商议，阎鸣泰因此感到不高兴，朝廷议论后，将阎鸣泰罢免，用张凤翼接替，但张凤翼胆小，又主张退守山海关。
孙承宗对此感到不高兴，出关巡视宁远，召集众将开会，多数将领都想退守山海关，马世龙建议守中后所，袁崇焕等主张守宁远。
孙承宗采用袁崇焕的主张，于是让祖大寿修建防御工事，令袁崇焕、满桂驻守宁远。
孙承宗担心自己的权利受到限制，上书朱由校说督师和总督不能同时设立，请求将自己罢免。
朱由校由此终止总督的推选，令辽东巡抚移驻宁远，张凤翼觉得这是置自己于死地，与万有孚等诋毁马世龙。
没过多久，万有孚被蓟州巡抚岳和声弹劾，张凤翼于是称马世龙和袁崇焕陷害，捏造谎话欺瞒朝廷，试图阻挠出关的计划。
给事中解学龙也大力陈说马世龙的罪过，孙承宗非常生气，上书给朱由校说边关的防守策略，说宁远、觉华不能放弃，并为马世龙辩解，又揭发万有孚与张凤翼等勾结的罪状。
天启四年，公元1624年，宁远城修复，关外的守备器械也已建造完毕，孙承宗上书朱由校请求发军饷二十四万，这样就可以大举进攻了，但兵部和工部却横加阻挠，向朱由校进谗不能给钱，孙承宗上书催促无果，孙承宗大军因此没有出征。
孙承宗坐镇辽东的四年，与天津巡抚李邦华、登莱巡抚袁可立遥相呼应，“关门息警，中朝宴然，不复以边事为虑矣。”
在这样相对安定的大背景下，按照战功来衡量，似乎孙承宗有些碌碌无为。
然，兵部尚书王永光对孙承宗积极防御的一番作为作过很中肯的评价：“兵家有云，善战者，无赫赫之功！”
两年下来，孙承宗和袁军门一直没有发动大战役的机会，而发动战略总反-攻把后金赶出去的机会又不成熟。但反过来说，孙承宗在无形中为朝廷省下了许多军费，确保了山海关安然无恙，使明朝有了更多的机会养精蓄锐，充分显示了天朝的不战之威。”
首辅孔贞运评价道：“公久历海上，凡地形险易，军储盈缩，将吏能否，虏情向背皆洞若烛照，故登莱终公（袁可立）之任销锋卧鼓。”
这也从另一方面肯定了孙承宗和袁可立积极防御之功。
令人惋惜的是，正当孙、袁二公积数年之力准备大有作为组织大反-攻之时，阉党已全面掌控局势，逼迫袁可立和孙承宗先后去职。
孙承宗与袁可立是很好的搭档，从后来柳河之役的失败来看，袁可立的离任对孙承宗的军事行动有很大的影响和缺憾。
从后来的战争结果看，袁可立的实战能力更强，在登莱缺粮少援的弱势状态下，竟然能在数月内组合优势兵力纵横海上，战线绵延至上千里，调度两镇兵马多次奇兵突袭，以反间计策反后金女婿刘爱塔，连克金、复、盖三卫旅顺、红嘴、望海、永宁等堡多个战略要地，使后金数年间蜷缩一隅无以西窥。
袁可立的登莱战区竟然成为了明清战争史上唯一主动出击叫战的正面战场。
而此时的魏忠贤，企图扩张权利，见到孙承宗功劳非常高，想要攀附，于是，派刘应坤向孙承宗表明自己的意思。
但孙承宗见到刘应坤之后与他一句话也不说，鸟都不鸟他。
这样一来，魏忠贤记恨上了孙承宗。
魏忠贤迫害朝中大臣，将杨涟、赵南星、高攀龙等驱逐出京，孙承宗正在巡视蓟州一带，想到上反对奏书，皇上未必会亲自阅览，于是，以贺寿为由请求入朝面奏，借机弹劾魏忠贤。
魏广微听说后将这个消息告诉了魏忠贤，说孙承宗打算以清君侧为由杀掉魏忠贤。
魏忠贤这才害怕，赶紧跑到皇帝朱由校床前，哭着求情。
顾秉谦也说没有圣旨私自离开防守的地方，不合法度。
朱由校被他说动，连夜召见兵部尚书，派三人骑快马阻止孙承宗。
魏忠贤又假传圣旨给九门的宦官，若孙承宗到了齐化门，就将他绑了。
孙承宗到达通州后，接到朱由校的旨意，只好返回辽东。
魏忠贤又让党羽李蕃、崔呈秀、徐大化上书诋毁孙承宗。
孙承宗心力俱疲，于是，请求罢官。
天启五年，公元1625年，给事中郭兴治请求朝中大臣讨论孙承宗的去留问题，很多人都弹劾孙承宗说他冒领军饷，而吏部尚书崔景荣支持孙承宗。
朱由校下诏，让孙承宗继续督师辽东，却让孙承宗精兵简将，减少军饷。
而孙承宗刚刚派遣诸将分别驻守锦州、大小凌河、松山、杏山、石屯等地，扩张二百里，将尤世禄、李秉诚等将罢免，裁剪军队一万七千人，节省开支六十八万。
同年九月，马世龙误信降人降将刘伯漒，派鲁之甲、李承先袭取耀州，中计身死，损失四百余人。
魏忠贤的党羽看到机会出来了，趁机弹劾马世龙和孙承宗。
孙承宗哪里受得了这样的攻击？于是，强烈请求辞官。
十月，朱由校同意孙承宗辞官，并给孙承宗加特进光禄大夫，儿子世袭中书舍人，又赏赐蟒服、银币等，并派人保护孙承宗回家，而让兵部尚书高第为辽东经略。
孙承宗，虽然想着报效国家，尽自己的能力，可是，在魏忠贤阉党的打击下，也无能为力了。
马世龙的死，也让他万念俱灰。