重新回到朝廷的张居正，对皇帝管束得越来越严！
皇帝备办六宫赐物，太仓提供的钱财很多。
张居正就户部呈皇帝过目的清单发表意见，称每年太仓入不敷出，奏请皇帝坐下休息时抽空浏览一下清单，量入为出，节省过量的开支。
他的奏章送上去，皇帝留了下来。
朱翊钧又命令工部铸造钱币支付开支，张居正认为获利抵不上耗费制止了此举。
有些官员劝谏皇帝，奏请在苏、松地区停止织造活动，朱翊钧不听。
张居正见了，当面向朱翊钧奏请，朱翊钧无奈，这才同意减去大半。
张居正还奏请皇帝停止修建武英殿，以及裁减对外戚升官的恩惠，皇帝多数违心地顺从了他。
朱翊钧到文华殿，张居正侍讲读完毕，告诉皇帝给事中呈送的有关灾害的奏章，请求赈济。
他又说：“皇帝爱民如子，但是有司们在外损公肥私，盘剥百姓欺骗皇帝，应该依法严惩。皇上努力节省，把宫中的一切开支、服饰、赏赐物、布施品，裁减或禁止。”
朱翊钧点头同意，对一些地方税粮予以蠲免。
张居正认为江南的贵族豪强仗势违法、奸诈狡猾的官吏和百姓长于拖欠赋税，挑选精悍的大官吏严格督导责罚。赋税因此按时输送，国库日益充实，但是豪强和狡猾的官民都怨恨张居正。
张居正还联合了内宫的冯保，早晚巡视皇帝的起居，皇帝稍有不是，马上报告给慈圣皇太后。
慈圣皇太后管教皇帝很严格，每次责备他，就说：“假使张先生知道了，会怎么样？”
朱翊钧因此很害怕张居正。
他逐渐长大后，心中开始厌烦张居正。
对比起乾清宫小宦官孙海、客用等人，他们陪伴皇帝游玩戏耍，比起日夜板着脸的张居正来，那是天壤之别。
一个人，开始讨厌一个人的时候，那是厌烦见到他；逐渐发展下去，由厌到恨，恨不得让他死去！
朱翊钧对张居正，就是如此。
慈圣皇太后听说皇帝整日和太监们玩，当下派冯保把孙海、客用抓起来，杖责后驱逐了他们。
张居正又逐条列举这些小内侍的罪恶，请求贬逐他们，指令司礼和内侍们自己陈述，皇帝裁定他们的去留。
张居正还趁机劝告皇帝戒除游玩和宴乐重视起居，精神专注以便增添圣上的后代，节制赏赐以便减少浪费，拒绝珍玩以便养成好习尚，亲理国事以了解政治事务，勤奋学习以便资助治理朝政。
朱翊钧受太后的逼迫，没办法，都答复可以，但是内心恨死了冯保和张居正。
朱翊钧盼望着亲政的那一天，因为亲政了，意味着权力回来了！
他亲政后，张居正编纂古代治乱的事例一百多条，绘有图画，用通俗的话进行解释，让皇帝容易理解。
之后，又嘱咐儒臣记录太祖列圣的《宝训》、《实录》，分类编成书，共有四十条例：创业艰难，励精图治，勤奋学习，崇敬上天，效法先祖，保护百姓，谨慎祭祀，崇尚孝敬，开创好风尚，注意起居，戒除游荡，端正皇后和妃子的住处，教育太子，和睦宗族、藩国，亲近贤臣，远离奸邪的人，接受劝告，治理财产，遵守法律，告诫禁忌，办实事，端正纲纪，审察官吏，固定职位，加重地方太守县令的职权，驾驭亲幸的人，正确对待外戚，重视农业，提倡教化，明确赏罚，讲求诏书和命令的信用，慎重处理名分，裁减贡物和献祭，慎重地赏赐，敦促节俭，刑罚和狱审要慎重，表彰功德，摒弃异端，整顿武备，防御北方少数民族。
这些话，就是在警诫皇帝，对他继续管束。
张居正还请求在皇帝读经的空暇为他讲解，并奏请设置皇帝起居注，记录皇帝的言行和朝廷内外的事情，每天派四名翰林官负责，及时著文做诗，准备皇帝顾问。
朱翊钧这才知道，在张居正这座大山下，就算亲政，也别想自由！
张居正一方面对皇帝管束很严，另一方面却自己重用自己人。
他把冯保的门客徐爵提拔为锦衣卫指挥同知，负责南镇抚司事。
他自己的三个儿子都在科举考试中列为上等。
至于他身边仆隶出身的游七出钱买官，有功劳的皇族亲戚和文武大臣很多人同他交往，缔结姻亲。
游七衣冠整齐地拜见张居正，被列入士大夫中。
这些做法，使得张居正令人侧目。
过了不久，张居正患病。
张居正起初还能自己处理朝政，后来很疲惫，不能全部审阅，却也不让张四维等人掺和。
等到他病情加重，这才请求辞官回乡。
朱翊钧颁布最高级别的诏书安慰、挽留他，称他为“太师张太岳先生”。
这些，自然因为张居正的势力实在太大，不能不做出挽留的态度。
张居正考虑到自己不能康复，推荐以前礼部尚书潘晟和尚书梁梦龙，侍郎余有丁、许国、陈经邦。不久，又推荐尚书徐学谟、曾省吾、张学颜，侍郎王篆等人可以担当大任。
他这些做法，自然是为了继续巩固权力。
张居正病得越来越重，终于昏聩，不能自主。
张居正死后，朱翊钧因他而中止朝见，下诏以九坛进行祭祀，把他看成国公兼师傅。
不过，这些只是表面现象。
朱翊钧在张居正死后，发现自己宠幸的宦官张诚遭冯保厌恶被贬出京都，当下派张诚秘密地调查冯保和张居正。
不久，张诚重返皇宫，详尽地告发他们俩人相互勾结骄横恣肆的情况，并称他们的宝藏超过天府。
朱翊钧大怒，他的左右侍从也都揭发冯保的过失与罪孽，张四维的门徒御史李植极力诉讼徐爵与冯保通奸行诈的多条罪状。
朱翊钧在皇宫拘捕了冯保，并把徐爵逮捕投入诏狱。
他贬斥冯保到南京的御居中供事，登记他家的全部金银珠宝，数额达万计。
朱翊钧怀疑张居正也蓄藏很多，心中更加不高兴。
皇帝既然这个态度了，那么，言官们就敢弹劾张居正留下的人了！他们弹劾王篆、曾省吾等人，也弹劾张居正！
王篆、曾省吾都被治罪。
朱翊钧下诏剥夺了张居正的上柱国、太师封号，又剥夺了谥号。
另外，所有由张居正推荐的人，都被贬职削官。
朱翊钧召回了吴中行、赵用贤等人，担当不同的官职。
御史羊可立又继续追究居正的罪行指责张居正捏造辽庶人宪火节的狱案。
庶人的妃子趁机奏疏辩白冤屈，而且称：“庶人以万计的钱财，都被张居正吞食。”
朱翊钧命令司礼张诚和侍郎丘木舜偕同锦衣指挥、给事中到张居正家登记。
张诚等人将到，荆州守令事先登记人口，锁闭张居正的家门，子女们大都逃进空屋中躲避。
等到门开，饿死的人有十多人。
张诚等将张居正几个儿子兄弟的家藏全部搜出，获得万两黄金，十多万两白银。
张居正的长子礼部主事张敬修忍受不了刑罚，自己屈招寄存二十万两白银在曾省吾、王篆和傅作舟等人那里，不久，自缢身亡。
这个事情传出，申时行等人同六卿大臣联合奏疏，请求皇帝稍稍宽缓张居正家人；刑部尚书潘季驯的奏疏最激动直切。
皇帝下诏保留一所空宅、十顷田，赡养张居正的母亲。但是，御史丁此吕又追究科举考场的事情，称高启愚用舜、禹命题，是为皇帝让位张居正制造理论根据。
尚书杨-巍等人与张居正辩驳。
丁此吕被调出京都，但高启愚也被削免官籍。
朱翊钧下诏全部削免居正的官衔品级，剥夺从前赏赐的玺书、四代封赠的荣誉称号，把居正的罪状向天下公告，称应当剖棺戮尸姑且宽免。
张居正的弟弟都指挥张居易，儿子编修张嗣修，都被发配戍守瘴气缭绕的边关。
朱翊钧之所以对张居正这样下狠手，一是因为张居正生前对朱翊钧管束得太严，二是张居正自己本身也有问题，三是，据说是跟太后有一腿。
实际上，很可能就是朱翊钧不允许后世有张居正这样权力过大的臣子存在，所以，决定对张居正清算。