于谦用他的务实和正直，赢得了朝廷对他的重视。
这时，正是三杨：杨士奇、杨荣、杨溥主持内阁朝政的时候，他们都很重视于谦。
于谦所奏请的事，早上上奏章，晚上便得到批准，都是“三杨”主办的。
人，有走运的时候，就有背运的时候。
“三杨”去世之后，太监王振开始掌权，他作威作福，肆无忌惮地招权纳贿。
百官大臣争相献金求媚，每逢朝会期间，进见王振者，必须献纳白银百两；若能献白银千两，始得款待酒食，醉饱而归。
至于于谦，他每次进京奏事，从不带任何礼品。这事，我们说过。
像于谦这么正直的人，简直就是王振的不共戴天的仇人！
他立即把于谦抓了起来，还判处死刑！
百姓们听说于谦被判处死刑，一时间群民共愤，联名上书。
王振这么多百姓和官员为于谦说好话，当下怕众怒难犯，便编了个理由，称从前也有个名叫于谦的人和他有恩怨，说是把另一个“于谦”和现在这个于谦混淆了，当下把于谦放了出来，降职为大理寺少卿。
山西、河南的官吏和百姓俯伏在宫门前上书，请求于谦留任的人数以千计，周王、晋王等藩王也这样上言，于是，王振无奈，只得再命于谦为巡抚。
这时的山东、陕西流民到河南求食的，有二十余万人，于谦见了，当下请求发放河南、怀庆两府积储的粟米救济。他又奏请令布政使年富安抚召集这些人，给他们田、牛和种子，由里老监督管理。
此后，于谦在巡抚的职务上，前后在任共十九年。
正统十三年，公元1448年，于谦被召回京，任兵部左侍郎。
正统十四年，公元1449年七月，也先大举进犯，王振怂恿朱祁镇亲征。
于谦极力劝谏，但朱祁镇不听。不过，朱祁镇还是很信任于谦，留他主持兵部的工作。
再之后，就发生了土木堡之变。
一时间，京师大为震惊，大家都不知道该怎么办。
朱祁钰监国，便命令群臣讨论作战和防守的方略。
侍讲徐有贞说星象有变化，应当迁都南京。
于谦厉声说：“提议南迁的人应当斩首！京师是天下根本，只要一动便大事去矣。难道不见宋朝南渡的故事吗？”他力主抗战，得到吏部尚书王直、内阁学士陈循等爱国官员的支持。
朱祁钰肯定了他的说法，防守的决策就这样定下来了。
这时，京师最有战斗力的部队、精锐的骑兵都已在土木堡失陷，剩下疲惫的士卒不到十万，人心惶惶，朝廷上下都没有坚定的信心。
于谦请朱祁钰调南北两京、河南的备操军，山东和南京沿海的备倭军，江北和北京所属各府的运粮军，立即奔赴顺天府，依次经营筹画部署，人心遂稍稍安定。随后，于谦升任兵部尚书，全权负责筹划京师防御。
接下来，于谦力主朱祁钰继位为帝，以断绝瓦剌的索取。
他联合朝廷的大臣，请皇太后立郕王朱祁钰为皇帝。
朱祁钰再三推辞。
于谦大声说：“我们完全是为国家考虑，不是为个人打算。”
朱祁钰这才受命，即帝位为皇帝。
朱祁钰面对危急的局面，召于谦进去回答问话。
于谦情绪激昂地哭着说：“敌寇得意，要挟持扣留太上皇，这样形势下他们必然轻视中国，长驱南下。请命令各边境的守臣竭力防守遏制。京营士兵的器械快要用完了，需要马上分道招募民兵，令工部制造器械盔甲。派遣都督孙镗、卫颖、张辄、张仪、雷通分兵据守九门重要的地方，军队驻扎在外城的外面。都御史杨善。给事中王竑亦参与这些事，迁徙外城附近的居民进入城内。储存在通州的粮食，令官军自己去支领，用装足的米作为代价，不把粮食留给敌人。文臣像轩倪这样的人，应该用为巡抚。武臣像石亨、杨洪、柳博这样的，应该用为将帅。至于军队里面的事情，我自己承担，没有成效就判我的罪。”
朱祁钰全都认真地接纳了于谦的意见。
十月，朱祁钰敕令于谦提督各营军马。
而此时，瓦剌的也先挟持着太上皇朱祁镇攻破紫荆关直入，进窥京师。
石亨建议收兵固守使敌兵劳累衰竭。
于谦不同意，说：“为什么向敌人示弱，使敌人更加轻视我！”他马上分别调遣诸将带领二十二万兵士，在九门外摆开阵势：都督陶瑾在安定门，广宁伯刘安东直门，武进伯朱瑛朝阳门，都督刘聚西直门，镇远侯顾兴祖阜成门，都指挥李端正阳门，都督刘得新崇文门，都指挥汤芦宣城门，而于谦自己和石亨率领副总兵范广、武兴在德胜门外列阵，抵挡也先。
他把兵部的事交给了侍郎吴宁，把各城门全部关闭，自己亲自督战，同时下令：临阵将领不顾部队先行退却的，斩将领！军士不顾将领先退却的，后队斩前队！
他这道命令一下，众人才知道，于谦不但要大家不顾性命，他自己也不顾性命！因为，他自己后退的话，也会被后面的军队斩杀！
这样一来，将士们知道，要不胜利，要不战死，没有其它路子可以走了！
也先带着部队深入，他以为早晚就可以攻下京城，因为，朱祁镇号称五十万的军队，在他面前，不堪一击！如今明朝守军，不过十几万，有什么好怕的！
但他忽略了两点，一是明军是据城而守，不像朱祁镇是被围困在守无可守的土木堡；二是明军抱着死战的心理，不像朱祁镇在土木堡是军心溃散。
形势不一样，做法就要不一样！
也先在形势变化之后，还认为明军可以轻易击败，这就已经没有掌握住形势了！
他到了北.京城下，见到明朝官军严阵以待，这才有些丧气。
叛变了的宦官喜宁教唆也先邀明朝大臣迎接上皇，索取黄金和丝织品以万万计；又邀于谦及王直、胡濙等出城谈判。
朱祁钰不是傻子，知道瓦剌人欲壑难填，于谦等人出去的话，等于送死，当下不准许。