脱脱除了在政治上的作为之外，在史学上，也极为有为。
他主持修撰了辽、金、宋三史。
我在前面说辽、金、宋的时候，就大多是引用脱脱的史书。
脱脱在伯颜专权时，就把辞归的儒臣应召入国史馆。他自己受命为三史都总裁官，以中书平章政事、康里人铁木儿塔识，中书右丞太平，御史中丞张起岩，翰林学士欧阳玄，侍御史吕思诚，翰林侍讲学士揭傒斯为总裁官，然后，经过挑选淘汰，确定了一批修史官。
他们之中，除汉人外，还有畏兀儿、哈剌鲁、唐兀、钦察等族的史学家。
如此众多的少数民族学者参加修史，这在二十四史中是仅见的。
脱脱虽然没有秉笔修史，但却是一位名副其实的都总裁。
他以江南三省前南宋的学田钱粮为修史费用，解决了经费困难问题；辽、金、宋三朝谁为正统问题，长期以来争论不休，影响修史开展，脱脱主张三史分别撰写，各为正统，一律平等对待，使得议者遂息。
三史于至正三年，公元1343年四月开始修撰，至正四年三月完成《辽史》，脱脱命掾史仪礼鼓吹导从，自史馆进至宣文阁，甚为隆重。
四年十一月，《金史》完成。五年十月，《宋史》完成。
三史总共只用了两年半时间，除因有前朝修史基础外，主要是因为脱脱这位都总裁官用人得当，措施有力。《金史》、《宋史》完成之时，脱脱已辞去相位，故以中书右丞相阿鲁图、中书左丞相别儿怯不花为领三史事。
脱脱的第一次执政，推行更化政策三年又七个月后，除因论证不足，强行开大都金口河，造成沙泥壅塞、民舍被毁、丁夫死伤、劳而无功外，其他措举大体得当，朝政为之一新，汉儒们知无不言，言无顾忌，而元顺帝自己也用功读书，注意节俭，颇有励精图治之意。
脱脱治国有方，中外翕然称为贤相。
至正四年五月，脱脱因病辞相。
他辞相后，阿鲁图、别儿怯不花、朵儿只先后任右丞相。
这段时间有五年多，元顺帝妥欢贴睦尔虽仍有励精图治之志，也曾推出一些新政，但从整体来说，元朝政治腐败已不可挽救。加之天灾频仍，农民起义和少数民族起义此起彼伏，社会矛盾进一步激化。
元顺帝在面对日益加深的社会危机，于至正九年，公元1349年闰七月，命脱脱复为中书右丞相。
脱脱复相后，慨然以天下为己任，下决心治理这疮痍满目的社会。
这时摆在脱脱面前的，有几大棘手的难题：
第一，河患引起的严重财政危机。
脱脱辞相后仅一个月，即至正四年夏五月，就大雨二十余日，导致黄河暴溢，水平地深二丈许，北决白茅堤。六月，又北决金堤。沿河郡邑，如济宁路、曹州、大名路、东平路等所属沿河州县均遭水患。
元廷对之束手无策，以致水势不断北浸，到至正八年正月，河水又决，先是淹没济宁路诸地；继而北侵安山，沦入运河，延袤济南、河间，将隳两漕司盐场，实妨国计，大有掐断元王朝经济命脉之势。
运河中断将危及大都粮食和生活必需品的供应；水浸河间、山东两盐运司所属盐场，将会使元廷财政收入急遽减少，本来已经空虚的国库面临着新的危机。
第二，河患加剧了社会动荡不安。
自从河患发生以来，河泛区的饥民和流民纷纷起来反抗，有的劫夺商旅，有的打击官府，所在有司无可奈何。全国各地不断爆发起义；至正四年七月，山东私盐贩郭火你赤起义，活动于鲁、晋、豫一带；六年六月，福建汀州连城县罗天麟、陈积万起义，湖南爆发吴天保领导的瑶民起义；七年十月，全国发生起义达二百余起；八年春，台州黄岩盐贩方国珍起兵反元；同年三月，辽东锁火奴和辽阳兀颜鲁欢分别自称大金子孙，起兵反元；九年，冀宁平遥等县有曹七七起义；十年，江西铅山、真州、泰州均有农民起义。
第三，统治集团内部矛盾尖锐。
脱脱去相后，以右丞相别儿怯不花为首的一派与脱脱父子有旧怨，别儿怯不花、左丞相太平、御史大夫韩嘉纳、右丞秃满迭儿等10人，结为兄弟，曾弹劾马札儿台，使之远徙甘州。康里人哈麻与弟雪雪，因其母为宁宗的乳母，兄弟俩充宿卫士，为妥欢贴睦尔所宠幸。脱脱为相时，哈麻官任同知枢密院事，对脱脱百般趋附。脱脱去相后，遭到别儿怯不花等攻击，哈麻在妥欢贴睦尔处竭力为之辩护。至正九年，太平、韩嘉纳支持御史斡勒海寿列哈麻罪行劾奏，妥欢贴睦尔不得已夺哈麻、雪雪官职，而太平、韩嘉纳、斡勒海寿等均被贬官。未几，脱脱复为右丞相，为报答哈麻辩护之功，对太平等人进一步打击报复，使太平谪居陕西，别儿怯不花谪居般阳，韩嘉纳以赃罪杖流奴儿干致死，秃满迭儿出为四川右丞，途中被杀。脱脱重新召用哈府，从此埋下了杀身之祸。
至于官贪吏污、纪纲废弛、赋役不均等，已是积重难返的社会现象，脱脱复相后根本顾不上去治理这些问题。当务之急是解决财政危机和治理黄河。
脱脱为了解决财政危机，最快的办法，就是变更钞法了。
从至元后期以来，纸币发行猛增，不断贬值，以后历代大量印钞，到至正年间形成了巨大的压力，再加上伪钞横行，钞法已经败坏不堪。
至正十年四月，左司都事武琪建议变钞，吏部尚书偰哲笃支持变钞，并提出了以纸币一贯文省权铜钱一千文为母，而钱为子的方案。
脱脱会集中书省、枢密院、御史台及集贤、翰林两院官，进一步商议。
会上进行了激烈的争论，集贤大学士兼国子祭酒吕思诚反对最坚决，但遭到了压制，脱脱终于下决心实行变钞。
妥欢贴睦尔批准了中书省的变钞方案，下诏曰：朕闻帝王之治，因时制宜，损益之方，在乎通变。惟我世祖皇帝，建元之初，颁行中统交钞，以钱为文，虽鼓铸之规未遑，而钱币兼行之意已具。厥后印造至元宝钞，以一当五，名曰子母相权，而钱实未用。历岁滋久，钞法偏虚，物价腾踊，奸伪日萌，民用匮乏。爱询廷臣，博采舆论，佥谓拯弊必合更张，其以中统交钞壹贯文省权铜钱一千文，准至元宝钞二贯，仍铸至正通宝钱与历代铜钱并用，以实钞法。至元宝钞，通行如故。子母相权，新旧相济，上副世祖立法之初意。
变钞的具体办法是：一，印造至正交钞（实际上是用旧日的中统交钞加盖至正交钞字样，故又称至正中统交钞），新钞一贯合铜钱一千文，或至元宝钞二贯，而至正交钞的价值比至元宝钞提高了一倍，两钞则并行通用。二，发行至正通宝钱，与历代旧币通行，使钱钞通行，并以钱来实钞法。
这个变钞的法子，只能治标，不能治本。但，脱脱又有什么办法呢？只能先解决眼前的问题再说。
至正十一年，公元1351年，新钞与通宝同时发行，很快就出现了通货膨胀。行之未久，物价腾踊，价逾十倍，京师料钞十锭，易斗粟不可得，“所在郡县，皆以物货相贸易，公私所积之钞，遂俱不行”。
这就意味着，变钞的结果，使得通货更加膨胀，没有解决到问题。